O HGU também conta com uma Agência Transfusional, que funciona como uma espécie de banco de sangue interno, com funcionamento 24 horas para atender as necessidades transfusionais da instituição. É na Agência Transfusional que são armazenados sangue, hemocomponentes e hemoderivados para garantir o fornecimento de sangue aos receptores de forma rápida e segura.